Criado em março de 2002, O CPHNAMA se localiza na Rua do Giz, nº. 59, Praia Grande, Centro Histórico de São Luís, Maranhão.
Tradicionalmente, o sobrado colonial erigido pelo Capitão Antonio José de Souza em 1800 sediou, entre outras ocupações, a tipografia e redação do diário republicano O Globo editado por Francisco de Paula Belfort Duarte, assim como na década de 80 do século passado o Projeto Reviver, programa de revitalização do conjunto de imóveis históricos situados na Praia Grande, que transformou o local em ponto de referência cultural.
Atualmente, a instituição abriga em seus dois andares salas expositivas temáticas nas áreas de Paleontologia, Arqueologia e Etnologia, a Biblioteca Olavo Correia Lima, 2 laboratórios e suas respectivas reservas técnicas, além das dependências administrativas. Atua em âmbito regional, assim como em parceria com outros órgãos nacionais voltados à pesquisa acadêmica nas referidas áreas de interesse científico. Elabora e desenvolve, paralelamente, ações de cunho didático-pedagógicas direcionadas à Educação Patrimonial junto às redes municipal e estadual, privadas e de ensino superior, enfatizando a importância do conhecimento, preservação e valorização dos recursos patrimoniais maranhenses.